回廊にはミステリアスな雰囲気が漂っています。このカタコンベは4層構造をなし、その一部は地下20mの深さにあります。多くの部屋の中でも特に重要なのは教皇の遺体が埋められている部屋で、「リトルバチカン」と呼ばれています。この部屋には歴代の教皇の遺体が納められており、聖カリストゥスのカタコンベの中で最も美しい場所とされ、壁に彫られた当時の墓碑銘は今でも判読できます。
もう1つの見どころは聖チェチーリアの墓所です。音楽の守護聖人である聖チェチーリアは、5世紀にわたってこの場所に埋葬されていました。西暦230年頃に殉教した彼女の遺体は、長らく行方が分からなくなっていましたが、820年に聖カリストゥスのカタコンベで再び発見されます。教皇パスカリス1世の命により、彼女の殉教地に教会が再建されると、そのサンタチェチーリア教会に遺体は移されました。サンタチェチーリア教会はローマ市内の美しいトラステヴェレ地区にあります。